К вопросу о ложноположительных результатах теста ПЦР на COVID-19 и значении количественного метода

Пандемия COVID-19 обусловила широкомасштабное тестирование бессимптомных лиц с низкой претестовой вероятностью (low pretest probability) — практика, ранее не применявшаяся для диагностики какой-либо вирусной инфекции (Public Health Ontario, 2020). Поэтому положительные результаты тестирования методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) следует интерпретировать:

а) в эпидемиологическом контексте;

б) с учетом аналитической чувствительности теста и, если предусмотрена количественная оценка, — порогового значения цикла (Cycle Threshold — Ct).

Так, вероятность ложноположительного результата значительно повышается у бессимптомных пациентов с низкой предтестовой вероятностью (то есть отсутствием контакта с подтвержденным случаем COVID-19, другим воздействием высокого риска или повышенными уровнями циркуляции вируса). Так, если распространенность SARS-CoV-2 в сообществе составляет 1%, то при чувствительности и специфичности теста на уровне 80 и 99%, соответственно положительная прогностическая ценность (positive predictive value — PPV) позитивного результата составляет всего 44,7%. Если распространенность повышается до 5 или 10%, PPV значительно увеличивается до 80,8 и 89,9%, соответственно.

При этом следует обращать внимание на следующие обстоятельства:

• большинство ОТ-ПЦР являются качественными (то есть информируют о выявлении генетического материала без указания количества копий, которое потребовалось произвести до выявления), а не количественными (устанавливают количество копий, потребовавшихся до положительного сигнала — обычно в виде флуоресценции);
• вирусы, передающиеся с кровью, лучше поддаются количественному измерению, потому что кровь является более стандартизированным типом образцов. Когда тестируются респираторные образцы, вариабельность гораздо больше, что связано с типом тампона, который используется для сбора, транспортной средой, методом и качеством сбора образцов и т.д. Кроме того, наличие вируса в респираторном секрете может изменяться с течением времени;
• значения Ct, определяемые при количественном тестировании, не являются непосредственной мерой вирусной нагрузки в конкретном образце, а представляют собой относительный показатель, устанавливаемый путем тестирования стандартных образцов или материала одного и того же пациента в разные временные промежутки;
• с учетом относительного характера количественной оценки Ct, данный показатель, сообщаемый разными лабораториями, не может подвергаться непосредственному сравнению;
• ошибочным является мнение о том, что если материал пациента с положительным ПЦР не может быть вирусологически культивирован, то пациент не заразен. Отчасти это связано со сложностями культивирования SARS-CoV-2 по сравнению с другими вирусами. Национальная микробиологическая лаборатория Канады (Canada’s National Microbiology Laboratory — NML) задокументировала, что образцы со значениями Ct >24 были отрицательными на вирусную культуру. В то же время Центр по контролю и профилактике заболеваний США (US Centers for Disease Control and Prevention — CDC) сообщил о культивировании вируса из образцов с вирусной нагрузкой при уровне Ct чуть выше 30.

Таким образом, значения Ct при интерпретации результатов выявления SARS-CoV-2 могут быть полезны в случае положительных результатов, полученных при низкой PPV, в частности, у бессимптомных лиц без эпидемиологической связи с подтвержденным COVID-19. Органы здравоохранения выпускают в помощь медикам руководящие документы, способствующие правильной оценке рисков. Уточнение результатов в рамках эпидемиологического контекста может позволить отличить истинные положительные результаты от ложных. Это имеет особое значение при распространении скринингового тестирования, к примеру, спортсменов или путешественников.

В то же время, значения Ct не являются критически важными при определении показаний к госпитализации или прогноза заболевания при COVID-19 (Karahasan Y.A., et al., 2020 (a)). Так, вирусную нагрузку оценивали как высокую, в том числе, у пациентов с легким течением, то есть они представляли значительную эпидемиологическую опасность (Buchan B.W., et al., 2020; Karahasan Y A., et al., 2020(b)). Случаи, требующие интенсивного вмешательства, дифференцируют с помощью клинических, лабораторных, а также инструментальных (компьютерная томография) данных.

Список использованной литературы

• Ontario Agency for Health Protection and Promotion (Public Health Ontario) (2020). Focus on: an overview of cycle threshold values and their role in SARS-Cov-2 real-time PCR test interpretation. Toronto, ON: Queen’s Printer for Ontario.
• Karahasan Yagci A., Can Sarinoglu R., Bilgin H. et al. (2020 (a))Relationship of the Cycle Threshold Values of SARS-CoV-2 Polymerase Chain Reaction and Total Severity Score of Computerized Tomography in Patients with COVID 19, International Journal of Infectious Diseases.
• Karahasan Yagci Ayşegul, Can Sarinoglu Rabia, Bilgin Huseyin (2020 (b)) Relationship of the Cycle Threshold Values of SARS-CoV-2 Polymerase Chain Reaction and Total Severity Score of Computerized Tomography in Patients with COVID 19. International Journal of Infectious Diseases, ISSN: 1201-9712.
• Buchan B.W., Hoff J.S., Gmehlin C.G, et al. 2020Distribution of SARS-CoV-2 PCR Cycle Threshold Values Provide Practical Insight Into Overall and Target-Specific Sensitivity Among Symptomatic Patients. Am J Clin Pathol., 154(4): 479-485. doi:10.1093/ajcp/aqaa133.

По материалам ecdc.europa.eu