Залежно від частоти побічні реакції розподілені на такі категорії: дуже поширені (≥ 1/10), поширені (≥ 1/100, < 1/10), непоширені (≥ 1/1000, < 1/100), рідко поширені (≥ 1/10000, < 1/1000), поодинокі (< 1/10000), невідомі.

З боку імунної системи

Невідомі: анафілактична реакція.

З боку нервової системи

Поширені: головний біль, запаморочення, непритомність.

З боку шлунково-кишкового тракту

Дуже поширені: діарея*.

Поширені: біль у животі*, запор, метеоризм, диспепсія, нудота, блювання.

З боку шкіри і підшкірної тканини

Рідко поширені: алергічні реакції, висипання.

Ефекти на вагітність, післяродовий та перинатальний періоди

Емболія амніотичної рідини, ненормальне скорочення матки, смерть плода, дистрес-синдром плода, неповний аборт, передчасне народження, збережена плацента, гіперстимуляція та розрив матки, перфорація матки, інфекція статевих шляхів.

З боку репродуктивної системи та порушення функції грудейНепоширені

: піхвова кровотеча (у тому числі постменопаузальна кровотеча), міжменструальна кровотеча, порушення менструального циклу, маткові судоми, тривалі менструальні кровотечі, в середньому протягом 9 днів (до 45 днів).

Рідко поширені: менорагія, дисменорея.

Невідомі: маткова кровотеча.

Вроджені та генетичні розлади

Невідомі: вроджені дефекти.

Ефекти загального характеру і місцеві реакції

Дуже поширені: тремтіння, пропасниця, у тому числі температура тіла більше 40 °C.

Поширені: озноб.

Непоширені: втома.

Взагалі, тремтіння і пропасниця мають місце через 60–90 хвилин після прийому мізопростолу і є тимчасовими та короткочасними.

Жінкам варто рекомендувати провести повторне обстеження, якщо вони відчувають тривалу сильну кровотечу або пропасницю.

*Діарея та болі у животі пов'язані з дозою і зазвичай розвивалися на початку курсу терапії і були самообмежувальними. Повідомлялося про рідкісні випадки глибокої діареї, що призводила до сильної дегідратації. Діарея може бути зведена до мінімуму, використовуючи разові дози не більше 200 мкг з їжею, та уникаючи застосування переважно антацидів, що містять магній.