У поодиноких випадках застосування флуконазолу супроводжувалось токсичними ураженнями печінки, у тому числі з летальними наслідками (головним чином, вони спостерігались у хворих із тяжкими супутніми захворюваннями).

У разі виникнення гепатотоксичних ефектів, пов'язаних із прийомом флуконазолу, не відзначено їх явної залежності від загальної добової дози, тривалості терапії, статі та віку хворого. Гепатотоксична дія флуконазолу, як правило, була оборотною, ознаки її зникали після припинення терапії. Необхідно спостерігати за хворими, в яких під час лікування флуконазолом порушуються показники функції печінки, з метою виявлення ознак більш тяжкого ураження печінки. При появі клінічних ознак ураження печінки, які можуть бути пов'язані з флуконазолом, препарат необхідно відмінити.

Під час лікування флуконазолом у хворих дуже рідко зустрічались ексфоліативні шкірні реакції, такі як синдром Стівенса-Джонсона та токсичний епідермальний некроліз. Хворі на СНІД більш схильні до тяжких шкірних реакцій через застосування великої кількості ліків.

Якщо у хворого з поверхневою грибковою інфекцією з'являється висипання, яке можна пов'язати з флуконазолом, препарат слід відмінити.

За хворими з інвазивними/системними грибковими інфекціями при появі висипань необхідно пильно спостерігати і відмінити флуконазол при появі бульозних уражень або мультиформної еритеми.

Слід ретельно спостерігати за пацієнтами, які отримують одночасно флуконазол у дозі менше 400 мг на добу разом із терфенадином.

У поодиноких випадках повідомлялося про анафілаксію.

Деякі азоли, включаючи флуконазол, мають зв'язок з подовженням інтервалу QT на електрокардіограмі.

Були виявлені поодинокі випадки подовження QT-інтервалу і тріпотіння шлуночків у пацієнтів, які застосовують флуконазол. Ці повідомлення містили дані щодо тяжкохворих пацієнтів за наявності численних факторів ризику: органічні захворювання серця, порушення електролітного обміну та необхідність терапії супутніх захворювань, які могли сприяти виникненню даних порушень.

Флуконазол слід призначати з обережністю пацієнтам із даними потенційно проаритмічними станами.

Здатність впливати на швидкість реакції при керуванні автотранспортом або роботі з іншими механізмами.